Nella vicina Aquileia, presso il corso del Natissa, alto sull’ex porto romano che vide transitare mercanzie esotiche di ogni genere, svetta il possente campanile in mattoni della Basilica, leggermente discosto dall’edificio, dedicato a santa Maria Assunta e ai santi Ermacora e Fortunato (tra i primi martiri cristiani).
Esso completa l’insigne monumento, ricostruito nelle caratteristiche forme romaniche tra il 1021 e il 31 dal patriarca Popone sul luogo di un precedente edificio di culto paleocristiano che l’iscrizione riferisce al vescovo Teodoro (inizi del IV secolo).
L’interno, ricostruito in forme gotiche dopo il terremoto del 1348, conserva la straordinaria pavimentazione musiva policroma della chiesa originaria, con la sua magniloquente e misteriosa simbologia religiosa, nonché altri mosaici, affreschi e opere plastiche che abbracciano quasi un millennio di storia, documentato in parte anche nel vicino Museo del Patriarcato.
L’attuale Basilica si presenta, nel complesso, in forme romanico-gotiche. L’interno, maestoso e solenne, è permeato di un'intensa spiritualità, affinatasi nel corso dei secoli. L’elegante soffitto ligneo a carena di nave risale al secolo XV; tra il pavimento e il soffitto, quindi, sono racchiusi oltre mille anni di vicende storico-artistiche.
Il pavimento è il più esteso mosaico paleocristiano del mondo occidentale (ben 760 m²): basterebbe esso solo a ripagare il pellegrino del lungo viaggio per venire a visitare l’Ecclesia Mater, patrimonio dell’umanità. Il mosaico è stato parzialmente rovinato dalla messa in opera delle colonne della navata di destra; ciò avvenne alla fine del IV secolo o, secondo diverso parere, dopo la metà del V. Le fondazioni delle colonne sono in vista perché agli inizi del ‘900 fu tolto il pavimento medievale a piastrelle bianche e rosse, risalente all’epoca del patriarca Popone, per mettere in luce il prezioso mosaico paleocristiano; le passerelle di cristallo sono al livello del pavimento medioevale.
Al di sotto della chiesa si aprono due cripte. la prima, in corrispondenza del presbiterio, è rivestita di affreschi bizantineggianti del XII secolo (il più importante ciclo di affreschi di epoca romanica di tutta l’Italia settentrionale). Sulla volta, diciannove scene con le Storie di Ermacora raccontano le origini del cristianesimo ad Aquileia.
Secondo la tradizione, san Pietro inviò san Marco a evangelizzare Aquileia, capitale della Decima Regione Augustea, la Venetia et Histria. Nelle quattro lunette sono raffigurate le scene della Passione di Cristo e la Morte di Maria; nei pennacchi, figure di Santi; nella volta centrale, la Madonna in trono col Bambino fra i simboli degli Evangelisti e Cristo in trono fra gli Angeli. La seconda, chiamata Cripta degli Scavi, consente un viaggio a ritroso nel tempo fino all’epoca di Teodoro.
Usciti dalla Basilica, si trovano la Chiesa dei Pagani, la cui porta si trova proprio di fronte a quella della Basilica, e il Battistero post teodosiano a essa collegato. Di lato, nella Süd Halle (Aula Meridionale del Battistero) si possono ammirare le magnifiche superfici musive che ricoprono l'area adiacente il Battistero. Una speciale protezione consente la conservazione e la visita degli importanti resti musivi. Il pavimento suddiviso in tre ampi campi rettangolari, che ripropone lo spazio dell'aula meridionale del Battistero, è ornato da motivi riferibili alla tradizione aquileiese tra la fine del IV e l'inizio del V secolo d.C.
Le evidenti tracce di incendio, visibili sulla superficie del pavimento, testimoniano un evento distruttivo per cui l'area venne abbandonata e la superficie musiva danneggiata dall'inserimento di sepolture in pietra calcarea, come testimoniato dai sei sarcofagi esposti all'interno della struttura.